Comandado pelo agente Senior Dwayne Cassius Pride (Scott Bakula), o escritório do NCIS em New Orleans tem como função investigar todos os casos relacionados à Marinha dos Estados Unidos desde o rio Mississípi até o Texas.
Morando e trabalhando no escritório, Pride comanda uma pequena equipe, formada pelo Agente de Campo Christopher LaSalle (Lucas Blacke) e sua parceira, a Agente Meredith Brody (Zoe McLellan). LaSalle, recrutado por Pride do escritório do xerife, é um mulherengo que vive e respira a aplicação da lei; Brody, transferida do Escritório dos Grandes Lagos, já trabalhou como agente embarcada e tenta deixar seu passado para trás ao transferir-se para a cidade. A equipe é assistida pela Dra. Loretta Wade (CCH Pounder) e por Sebastian Lund (Rob Kerkovich), peritos forenses do Departamento de Medicina do Distrito de Jefferson que prestam serviços ao NCIS, e por Paton Plame (Daryl "Chill" Mitchell), especialista em computação do NCIS e agente freelance.
